受采购人委托，某市政府采购代理机构就图书馆书架、阅览桌椅及防盗门设备采购项目发布公开招标公告。招标文件规定，潜在供应商须提交完税证明、社保缴纳凭证等三项资格预审材料。Y公司代理人在提交报名材料后，于次日前往采购代理机构查询资格审查进展，对方回复称审查尚未结束，结果需待次日（即报名截止日）方能公布。Y公司代理人对此表示异议，认为若在报名截止后才公布结果，将影响潜在供应商的公平参与权，要求提前公开审查信息。采购代理机构则回应称，审查结果无需向Y公司单独通报，仅通知其所在公司。
报名截止当日上午，Y公司代理人前往购买招标文件时遭拒，理由为“未通过资格审查”。Y公司要求出具书面不予受理说明及理由，遭对方拒绝。随后，Y公司向当地财政部门反映情况。财政部门建议其依法先提出质疑，若对答复不满再提起投诉。两日后，Y公司代理人向采购代理机构递交质疑函，但对方以“负责人不在”为由拒收。Y公司对整个拒收过程进行了录像，并作为后续投诉的证据。
在Y公司质疑被拒收的同时，采购活动仍持续推进。待Y公司向财政部门正式投诉时，项目评审结果已确定。Y公司投诉主要聚焦两点：一是招标文件收费超标，涉嫌变相索取费用；二是采购代理机构无正当理由拒收质疑函，违反《政府采购法》相关规定。
财政部门经调查发现，该项目预算不足200万元，而采购代理机构按每份300元收取招标文件费。根据该省财政厅相关规定，1000万元以下的政府采购项目，招标文件编制费应为每份100元。采购代理机构辩称其收费符合当地物价部门规定，但财政部门指出，该物价文件针对工程招标领域，而本项目属政府采购范畴，应优先适用政府采购相关规定。
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采购代理机构对文件理解存在偏差，非主观故意超标准收费，需退还超标部分费用；
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采购代理机构在Y公司提出质疑后拒收函件且未暂停采购，致使Y公司丧失投标机会，损害采购公平性，故本次招标作废标处理，需重新组织招标；
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第一，须明确法律与政策的适用边界。任何法规均有其特定的适用范围。本案中，物价部门关于标书费的规定针对工程招标领域，而政府采购项目应严格遵循《政府采购货物和服务招标投标管理办法》第二十三条，即以“弥补印制成本”为原则定价，不得营利。在该省财政厅已作出具体规定的情况下，政府采购活动应直接适用其要求，不得援引其他领域规定。
第二，采购代理机构不得拒收供应商质疑函。《政府采购法》第五十二条至五十四条及《政府采购货物和服务招标投标管理办法》第六十三条明确规定，供应商对采购文件、过程或结果存在异议时，有权在法定期限内提出质疑，采购代理机构有义务依法接收并及时答复。当前供应商维权意识不断增强，且善于通过录音、录像等方式固定证据，相关机构应规范履职，避免程序违规。
第三，采购活动遇质疑时应审慎应对。《政府采购法》第五十七条规定，财政部门处理投诉期间可通知暂停采购活动。虽无明文要求采购代理机构在接到质疑时自动暂停，但为保障程序公平，建议参照该精神，在答复质疑前暂缓采购流程，避免因程序瑕疵导致采购结果无效。
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第五十二条：供应商认为采购文件、过程或结果损害其权益的，可在知悉之日起七个工作日内书面提出质疑。
第五十三条：采购人应在收到质疑后七个工作日内作出书面答复。
第五十四条：受委托的采购代理机构应就授权事项向供应商作出答复。
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第六十三条：供应商对中标公告有异议的，应在公告期内书面质疑，招标采购单位须在七个工作日内答复。
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